El siglo dorado. Crecimiento del Monasterio
Será el siglo XVI la centuria que mayor esplendor proporcione al Monasterio. El nuevo templo conventual, el que hoy podemos contemplar, es un claro exponente de la importancia del convento en aquellos tiempos. Comenzó a construirse en 1509 y no se concluiría hasta el año 1525, siendo bendecido el 16 de julio. Se trata del elemento arquitectónico más importante del conjunto verano, tanto por la nobleza técnica de su fábrica, como por sus dimensiones. Según conocemos, gracias al monje cronista del siglo XVII, su levantamiento estuvo lleno de dificultades debido a las corrientes de agua que recorren el suelo del edificio a causa de la escorrentía natural. En el exterior únicamente destaca la sencilla decoración renacentista en la portada de los pies y una espadaña austero pero elegante que corresponde a fechas posteriores. Sin embargo, en el interior el edificio muestra todo el esplendor del estilo gótico.
La nave presenta 36,28 metros de longitud y 10,40 metros de anchura, destacando también la altura de sus muros, cuyas escasas ventanas provocan una habitual penumbra interior. Se cubre la nave con bóvedas de crucería de gran belleza. En la del presbiterio, y en su zona central, aparece el escudo de los Señores de Oropesa, benefactores del convento y patrocinadores de las obras. El gran retablo protagoniza el espacio de la cabecera de la iglesia. Obra de Antonio de Segura, termina de instalarse en Yuste en 1584. Para ello fue necesario modificar el presbiterio y elevar, todavía más, su altura para dar mayor protagonismo a la nueva obra. En el ático aparecen las armas imperiales con el águila bicéfala explanada y el Toisón de Oro, símbolos de Carlos V. Las imágenes de los laterales representan las personificaciones de las virtudes: la Fe y la Esperanza, situadas a la derecha, y la Fortaleza y la Justicia, a la izquierda. La obra pictórica es conocida con varios nombres: El Juicio Final, La Gloria, Apoteosis de Carlos V o La Trinidad. El lienzo original de Tiziano fue encargado por Carlos V al pintor veneciano durante la segunda de sus estancias en Augsburgo (1550-1551), concluyéndose en 1554.
A comienzos del siglo XVI y patrocinadas por el obispo de Plasencia, D. Gómez de Toledo, se edificarían nuevas construcciones en el complejo monástico: la ermita de Belén, hoy en ruinas; y la denominada Casa del Obispo, situada al norte del monasterio. Ésta se convirtió en el alojamiento de los criados de este obispo, que llegó a ser enterrado junto a su madre, la condesa de Pasarón, en el coro de la iglesia del monasterio en 1521 En tiempos del Emperador, en la ermita de Belén, cuya denominación responde a la ciudad bíblica en la que San Jerónimo fundó su monasterio, los flamencos que le acompañaban, celebraban el día de San José, <