El monasterio y el palacio tras la muerte del Emperador

El Emperador dispuso sus deseos de ser enterrado en Yuste según la siguiente disposición: <<…Así mismo ordeno y mando que, en caso que mi enterramiento haya de ser en este dicho monasterio, se haga mi sepultura en medio del altar mayor de esta dicha iglesia monasterio en esta manera: que la mitad de mi cuerpo hasta los pechos esté debajo de dicho altar; y la otra mitad, de los pechos a la cabeza salga fuera de él, de manera que cualquier sacerdote que dijese misa ponga los pies sobre mis pechos y cabeza>>.

Sin embargo, estas disposiciones nunca se cumplieron. Su hijo Felipe ll siguió prestando atención al Monasterio y confirmó los privilegios que disfrutaba la comunidad dados por sus antecesores el 28 de febrero de 1562. El cuerpo de su padre el Emperador permaneció durante dieciséis años situado en el altar mayor tras uno de los retablos existentes con anterioridad al actual. Carlos V nunca estuvo enterrado en la cripta del monasterio ya que su construcción se produce con posterioridad a su traslado a El Escorial el 27 de enero de 1574, tras reunir Felipe II en Yuste los cuerpos de sus familiares, entre ellos, el de su madre la Emperatriz lsabel de Portugal, enterrada en Granada. En la segunda mitad del siglo XVI se llevarían a cabo diversas obras en el monasterio como la ampliación de la cerca conventual, con la realización en 1570 del escudo del Emperador, que hoy puede contemplarse desde la carretera que da acceso al monasterio y cuyo diseño fue obra del monje fray Juan de Ávila y cuya inscripción dice: "EN ESTA SANTA CASA DE S. HIERO/NIMO DE YUSTE SE RETIRO A ACAVAR SU/ VIDA EL Q. TODA GASTO EN DE/ FENSA DE LA FE Y EN CONSERVACIÓN/ DE LA JUSTICIA CARLOS/ QUINTO EMPERADOR REY DE LAS ES/ PAÑAS. CRISTIANÍSIMO INVICTISIMO./ MURIO A 21 DE SETIEMBRE DE 1558".

En la década de los ochenta del siglo xví se elevó el presbiterio de la iglesia, se construyó la actual cripta y se colocó el retablo de Antonio de Segura. En 1587 llegaron desde El Escorial varios relicarios con restos de San Mauricio y sus compañeros y de las Once Mil Vírgenes por orden del monarca Felipe II, coleccionista fervoroso de reliquias. Felipe III, nieto del Emperador, confirmó de nuevo los privilegios del monasterio en Valladolid el 17 de agosto de 1602 y se encargó de reparar el palacio donde vivió y murió su abuelo. Felipe IV un siglo después de la llegada de Carlos V también se encargaría de realizar reparaciones en el palacio, como el cambio de carpinterías y vigas, entre los años 1656 y 1657. La memoria del Emperador perduraba en sus descendientes y la Casa de Austria estuvo siempre atenta al mantenimiento de la última morada imperial. El siglo XIX significó la progresiva decadencia del Monasterio de Yuste. Las tropas napoleónicas incendiarían parte del monasterio en 1809. Los monjes tuvieron que abandonar el edificio en más de una ocasión durante los enfrentamientos de España con los franceses y de forma definitiva tras su exclaustración. Con la desamortización, el monasterio pasaría a manos privadas y en él se ubicarían distintos tipos de trabajos preindustriales como almacén de capullos de seda, fábrica de ladrillos, etc. Las obras artísticas se repartieron por distintas iglesias cercanas como las de Casatejada, Majadas, Serrejón y Cuacos de Yuste, donde se conservan algunas hasta la actualidad.

El 1857, el Marqués de Mirabel, D. Pedro de Alcántara Fernández de Córdoba, compraría el conjunto de Yuste por 400.000 reales y posibilitaría las primeras intervenciones de consolidación para evitar la ruina total del edificio con la intervención de maestros procedentes de Plasencia y Madrid. En 1898 una pequeña comunidad de Terciarios Capuchinos abrirá la iglesia de nuevo al culto pero, debido al mal estado del edificio, lo abandonarían en 1917. Muchos fueron los testimonios que denunciaron el estado de abandono del conjunto monumental. Escritores, fotógrafos y viajeros extranjeros lamentaban y daban testimonio del estado de conservación de la que fue la última morada del Emperador. En 1908 Unamuno, tras su visita al monasterio, escribía lo siguiente: <<Melancólico espectáculo el del claustro del monasterio. Las desnudas piedras se calientan al sol; yacen por los suelos, entre malezas y hierbajos, los sillares que abrigaron las siestas y las medicaciones de los jerónimos: columnas truncadas se proyectan sobre el verdor del monte y el azul del cielo, piensa uno, modificando la sentencia del clásico, que hasta las ruinas perecerán: Etiam ruinae peribunt>>.

En 1922 el rey Alfonso XIII, en compañía del Duque de Alba y el Marqués de Viena también visitaría el monasterio, conservándose en los archivos reales, fotografías que inmortalizaron el viaje. El resurgimiento comienza con la declaración de <> del Monasterio de Yuste a raíz del decreto de 3 de junio de 1931. El proceso de recuperación del conjunto se aceleraba a medida que se acercaba la fecha de conmemoración de los cuatrocientos años del fallecimiento del Emperador, ya que Yuste se convertiría en uno de los escenarios de la celebración de dicha fecha. En 1942 se cederá a los jerónimos el uso del edificio, instalándose una comunidad de dicha orden en el monasterio, hecho que se hará efectivo en 1958 al término de las obras de recuperación del conjunto arquitectónico dirigidas por el arquitecto José Manuel González-Valcárcel. En esa misma fecha se crea la Real Asociación de los Caballeros del Monasterio de Yuste que vela por los valores religiosos y culturales del conjunto.

La creación de la Academia Europea de Yuste y la Fundación Academia Europea de Yuste por la Junta de Extremadura en 1992, y cuya sede se encuentra en el Monasterio, asÍ como las operaciones arquitectónicos llevadas a cabo por Hispania Nostra entre 1999 y 2003, contribuyeron a dar un nuevo impulso al complejo monástico que se ha convertido en los últimos años en un centro de proyección de cultura europea. En el año 2003 la Junta de Extremadura concedió su más preciado galardón, la Medalla de Extremadura, a la comunidad religiosa del Monasterio de San Jerónimo de Yuste por su importante labor y trabajo en el mantenimiento y conservación del monumento. En septiembre de 2004 el Monasterio de Yuste, que pertenecía al Ministerio de Cultura, se incorpora a los bienes de Patrimonio Nacional, quedando afectado al uso y servicio de la Corona. En 2007, a propuesta del Ministerio de Cultura, el Monasterio de Yuste fue proclamado Patrimonio Europeo por su significación histórica y contenido simbólico al considerar el proyecto imperial de Carlos V como uno de los primeros impulsos de una Europa unida.

Desde el año 2011, tras la ida de los Monjes Jerónimos en 2010, debido a la invitación de Don Amadeo Rodríguez Magro Obispo de Plasencia, en el Real Monasterio de Sán Jerónimo de Yuste está presente Orden de San Pablo Primer Eremita. El Monasterio de Yuste es el primer monasterio de la Orden Paulina en España.